Instytut został utworzony we wrześniu 2024 przy Wydziale Sztuk Pięknych UMK i dziedziczy tradycję dwóch istniejących wcześniej jednostek: Instytutu Zabytkoznawstwa i Konserwatorstwa oraz Katedry Historii Sztuki i Kultury UMK.
Historia pierwszej z wymienionych sięga początków istnienia toruńskiego uniwersytetu. W 1947 roku, z inicjatywy profesora Jerzego Remera, utworzona została na Wydziale Sztuk Pięknych Katedra Zabytkoznawstwa i Konserwatorstwa. Od początku swej działalności prowadziła kształcenie w obszarze praktycznym oraz teoretycznym (zabytkoznawstwo, konserwatorstwo i wiedza o sztuce). W 1950 roku utworzono oddzielne studium Konserwatorstwa i Muzealnictwa, na którego czele stanął wspomniany już wyżej prof. Remer. Reforma szkolnictwa wyższego wprowadzona 1969 roku spowodowała przekształcenie dotychczasowej Katedry w Instytut Zabytkoznawstwa i Konserwatorstwa. W jego ramach, obok czterech jednostek zajmujących się konserwacją i restauracją dzieł sztuki, utworzone dwa zakłady: historii sztuki oraz konserwatorstwa i muzealnictwa. W 1977 roku ten drugi podzielono dodatkowo na dwa oddzielne zakłady.
W ciągu niemal ośmiu dekad działalności w Katedrze (a później Instytucie), pracowało wiele wybitnych badaczek i badaczy sztuki, m.in.: prof. Jadwiga Puciata-Pawłowska, prof. Kinga Szczepkowska-Naliwajek, prof. Gwido Chmarzyński, doc. Jerzy Frycz, prof. Zygmunt Kruszelnicki, prof. Jan Tajchman, prof. Zygmunt Waźbiński, prof. Józef Poklewski.
Druga z jednostek, Katedra Historii Sztuki i Kultury, utworzona została na Wydziale Nauk Historycznych w 1999 roku z inicjatywy prof. Zygmunta Waźbińskiego. Od początku swego istnienia prowadziła studia na kierunku historia sztuki (początkowo jednostopniowe, a po wprowadzeniu reformy bolońskiej, dwustopniowe). W 2019 roku, w ramach reformy szkolnictwa wyższego i wprowadzanej wraz z nią reorganizacji struktur jednostek uniwersyteckich, z katedry Historii Sztuki i Kultury wydzielona została Katedra Historii Sztuki XX w. w Europie Środkowej i na Emigracji, a następnie obie te jednostki zasiliły Wydział Sztuk Pięknych.
W dwudziestoletnim okresie działalności Katedry Historii Sztuki i Kultury pracowało w niej szereg wybitnych badaczek i badaczy sztuki i kultur materialnej, m.in.: prof. Krystyna Zielińska-Melkowska prof. Krzysztof Pomian, prof. Sergiusz Michalski, prof. Hanna Zarembska, prof. Maria Poksińska, prof. Jan Harasimowicz, prof. Marian Kutzner, prof. Tadeusz Żuchowski, prof. Jarosław Jarzewicz, prof. Piotr Juszkiewicz.
Zespół naukowo-dydaktyczny prowadzi działalność naukową w ramach dyscypliny nauki o sztuce oraz studia na trzech kierunkach: Historia Sztuki 3+2, Krytyka Artystyczna s1oraz Ochrona Dóbr Kultury 3+2. Specyfika badawcza obejmuje m.in. studia nad sztuką Torunia i regionu (dziedzictwo pokrzyżackie i Prus Królewskich), sztuką polską na emigracji i sztuką pozaeuropejską, a także zabytkoznawstwo i badania nad procesem artystycznym oraz studia nad architekturą, budownictwem i dziedzictwem techniki.